Amelio fece un grosso sforzo per riportare la Apple a realizzare profitti ma i suoi sforzi si sono dimostrati degli insuccessi. Dopo i suoi primi 100 giorni come CEO Amelio annunciò vasti cambiamenti nella struttura corporale dell'azienda. La compagnia fu divisa in 7 divisioni ognuna responsabile dei propri guadagni e delle proprie perdite. Fece anche uno sforzo per prendere sviluppatori e realizzatori meglio informati degli affari giornalieri dell'azienda. Sebbene l'azienda avesse annunciato una vacillante perdita di 740 milioni di dollari nel primo trimestre del 1996 nel secondo trimestre ridusse le perdite a 33 milioni di dollari battendo ogni stima dei finanzieri più esperti. Nel terzo trimestre Apple fece profitti per 30 milioni di dollari di nuovo contro le previsioni degli esperti che avevano predetto una certa perdita. Apple perse considerevolmente nel quarto treimestre.
Nel tardo dicembre del 1996 la Apple fece un annuncio dirompente per l'industria e cioè che avrebbe acquistato la NeXT e che Steve Jobs sarebbe tornato all'ovile. La fusione fu fatta per acquisire NeXTstep che sarebbe diventato la base per le successive generazione di sistemi operativi, a partire da Rhapsody il cui rilascio era previsto nel 1998.
Il dipartimento del Newton fu relegato in un dipartimento con sussidi completamente a parte, Newton inc.
Nel primo Luglio 1997 la Apple annunciò le dimmisoni di Amelio seguito da un altra perdita milionaria in quel trimestre. Ciò sorprese tutti e in quel momento un nuovo CEO doveva ancora essere annunciato. Il tavolo esecutivo disse che sembrava che Amelio avesse fatto tutto ciò che poteva per Apple e che mentre lui era stato responsabile ci furono un buon numero di miglioramenti per la Apple e che lui non poteva fare di più. Nel frattempo Fred Anderson, Il CFO della Apple era stato messo alla guida delle operazioni giornaliere e a Steve Jobs fu assegnato un "vasto ruolo" alla Apple ad interim.